El clima del municipio de Hatonuevo es cálido, con lluvias regulares en la mayor parte del año, especialmente en los meses de septiembre y noviembre, cuando la zona de convergencia tropical se desplaza hacia el norte.
En su territorio se encuentran las ondulaciones de la serranía del Perijá y las estribaciones de la Sierra Nevada de Santa Marta, accidentes geográficos, que le dan la calidad de piso térmico cálido, es regado por las aguas del río Ranchería en su trayecto al mar caribe, y algunos arroyos y fuentes menores.
